ขั้นตอนการฟื้นตัวจากอาการสมองอักเสบจากแอนติบอดีต่อตัวรับ NMDA อาจกินเวลาหลายเดือน อาการมักแสดงในอันดับกลับกัน ผู้ป่วยอาจแสดงอาการทางจิตอีกครั้ง ทำให้หลายคนหลงคิดว่าผู้ป่วยยังไม่ดีขึ้น ทว่าเมื่อขั้นตอนการรักษาดำเนินต่อไป อาการทางจิตก็จะค่อย ๆ หายไป และสุดท้ายพฤติกรรมทางสังคมและ Executive functions ก็จะเริ่มพัฒนา[5]